O algodão é conhecido do homem desde os tempos mais remotos. A domesticação do algodoeiro ocorreu há mais de 4.000 anos no sul da Arábia e as primeiras referências históricas ao algodão estão no código de Manu, do século VII a.C., considerando a legislação mais antiga ao algodão da Índia. Os Incas no Peru, e outras civilizações antigas, já utilizavam o algodão em 4.500 a.C. Os escritos antigos, de antes da era Cristã, o apontavam que as Índias eram a principal região de cultura e que o Egito, o Sudão e toda a Ásia Menor já utilizavam o algodão como produto de primeira necessidade.
A palavra deriva de al-guTum, na língua árabe, por que foram os árabes que na qualidade de mercadores, difundiram a cultura do algodão pela Europa. Ela gerou os vocabulários cotton em inglês; coton em francês; cotone em italiano; algodón em espanhol e algodão em português.
Somente a partir do segundo século da Era Cristã, o algodão se tornou conhecido na Europa, introduzido pelos árabes. Foram os Árabes os primeiros a fabricarem tecidos e papeis com essa fibra e a Europa começou a usar regularmente o algodão na época das Cruzadas. No século XVII, com o desenvolvimento de novas máquinas de fiação, a tecelagem passou a dominar o mercado mundial de fios e tecidos.
Nos Estados Unidos, o algodão começou a ser usado como cultura comercial nos estados da Carolina do Sul e da Geórgia com utilização dos primeiros descaroçadores de rolo. Em 1792, Eli Whitney inventou o descaroçador de algodão, que conseguiu separar mecanicamente as sementes das fibras do algodão, deflagrando uma verdadeira revolução na indústria de beneficiamento de algodão e contribuindo para transformar os Estados Unidos no maior produtor mundial de algodão.
Os índios já conheciam o algodão e dominavam o seu plantio desde antes do descobrimento do Brasil, sendo capazes de colher, fiar, tecer e tingir tecidos feitos com suas fibras. Eles convertiam o algodão em fios para a utilização na confecção de redes e cobertores, aproveitavam a planta na alimentação e usavam suas folhas na cura de feridas.
A produção comercial do algodão começou nos estados da Região Nordeste e o primeiro grande produtor foi o Maranhão que, em 1760, exportou para a Europa as primeiras sacas do produto. Até então, os produtores se dedicavam ao plantio do algodão arbóreo perene, de fibras mais longas. O plantio do algodão herbáceo, de fibra mais curta, porém mais produtivo, começou em São Paulo, que firmou como grande centro produtor por um período. Os altos custos das terras e a concorrência de outras culturas como a cana-de-açúcar e a soja, entretanto, forçaram a cultura a buscar novas áreas de plantio como Mato Grosso e Goiás.